Hola, por experiencia propia te digo que la pastilla del día siguiente provoca demasiados estragos en tu ciclo.
Ya te hiciste un test?
Si es así, y resulto negativo te recomiendo que consultes con tu médico.
A mi me pasó algo similar, espere la menstruacion por más de mes y medio y cuando fui al médico tenía un pequeño quiste. Se disolvió con tratamiento.
Espero estes bien, cuídate.
y evita usarla.